請求人は、清算結了登記が行われ法人格が消滅した後にされた税務調査及び更正処分等は、責任を持って対応できる者がおらず調査自体に問題があり、更正処分等は無効である旨主張する。
　しかしながら、会社法第476条《清算株式会社の能力》の規定により、清算をする株式会社（清算株式会社）に、課されるべき国税又は納付すべき国税債務などの租税債務が存在する場合は、清算事務は未だ終了しておらず、清算株式会社は清算の目的の範囲内においてなお存続し、その法人格は消滅しないというべきである。そして、請求人には、清算結了登記後においても、課されるべき国税又は納付すべき国税債務などの租税債務等が存在するので、清算の目的の範囲内において請求人はなお存続し、法人格は消滅していないと認めるのが相当である。また、清算事務が終了していない以上清算人の職務も完了していないと認められること、清算人には清算結了登記の時から10年間は清算株式会社の帳簿・書類を保存する義務があること及び清算人は代表清算人として登記されていることから請求人の清算人は請求人の税務調査について責任を持って対応できる者であると認められる。
　したがって、更正処分時において請求人の法人格は消滅していたとは認められず、また、原処分庁は、請求人の清算人に対して質問検査権を行使して調査を行った上で本件更正処分等を行っていることから、本件更正処分等は無効であるとは認められない。